ファイルに書かれている文字列の置換

perl -p -i -e 's/検索文字列/置換文字列/g' 対象ファイル名

拡張子がhtmlのファイルすべてのをに置換するには、
perl -p -i -e 's///g' *.html

ファイルは上書きされますので、
バックアップを取っておきましょう。
　-i.bak　のようにiオプションに拡張子をつけるとバックアップとりながら処理でできる。

下記を参照しました。
http://kazmax.zpp.jp/linux/lin_replace.html

2012/9/26追記

# perl -p -i.back -e 's/(.*)(\[.*\])/\2\1\2/g' test.txt

111.111.111.111 - - [16/Sep/2012:08:17:16 +0900] "GET / HTTP/1.1" 403 406
↓置換結果
[16/Sep/2012:08:17:16 +0900]111.111.111.111 - - [16/Sep/2012:08:17:16 +0900] "GET / HTTP/1.1" 403 406

# perl -p -i.back -e 's/^\[.*?\]//g' test.txt

[16/Sep/2012:08:17:16 +0900]111.111.111.111 - - [16/Sep/2012:08:17:16 +0900] "GET / HTTP/1.1" 403 406
↓置換結果
111.111.111.111 - - [16/Sep/2012:08:17:16 +0900] "GET / HTTP/1.1" 403 406

?\]
はてなをつけると最短一致となる